精子畸形的原因多样。首先，不良生活习惯影响重大。长期吸烟，香烟中的尼古丁等有害物质会损害精子 dna，使畸形率上升；酗酒则干扰睾丸生精功能，让精子形态异常。其次，环境污染不可小觑。如长期接触工业化学物质，像甲醛、苯等，会对精子造成直接伤害。生活中，装修材料、汽车尾气也含此类污染物。再者，高温环境也是因素之一。男性睾丸适宜温度比体温略低，常泡热水澡、蒸桑拿，或从事厨师、锅炉工等需长时间处于高温环境的职业，易使精子畸形。
此外，生殖系统疾病，如附睾炎、前列腺炎等，炎症会改变生殖内环境，影响精子发育，导致畸形。遗传因素同样不可忽视，某些基因缺陷可致使精子形态异常。
