阿莫西林可以对于喉咙的疼痛能起到良好的效果。喉咙疼痛是咽喉炎、扁桃体炎的主要的症状，如果没有药物的过敏史，治疗喉咙疼痛首选青霉素类或者头孢菌素类的抗生素。
阿莫西林是半合成的广谱青霉素类的抗生素，阿莫西林杀菌作用强，穿透细胞壁的能力也强，口服以后药物分子中的内酰胺立即水解成肽键，迅速和菌体内的转肽酶结合，使之失去活性，切断了菌体依靠转肽酶合成肽键用来建造细胞壁的唯一途径，使得细菌细胞迅速成为球形而破裂溶解，菌体最终因为细胞壁损失，水分不断渗透而胀裂死亡，所以它对大多数的致病菌的革兰氏阳性和革兰氏阴性菌均有强大的抑菌和杀菌作用，其中对肺炎的链球菌、溶血性的链球菌等这些链球菌属，还有不产青霉素的葡萄球菌、肺肠球菌等需氧的革兰氏球菌、大肠埃希氏菌、变异杆菌、沙门杆菌、流感嗜血杆菌等需氧的革兰氏阴性菌，具有良好的抗菌活性，所以阿莫西林可以对于喉咙的疼痛能起到良好的效果，这里还需要特别提示既往对青霉素过敏的患者不要使用阿莫西林胶囊。
